Commissione istituita con decreto ministeriale del 10 febbraio 1904, che le conferisce esplicitamente «la direzione dei servizi inerenti alla Biblioteca», e composta dal rettore Giampietro Chironi, presidente, e dai presidi delle due Facoltà maggiormente colpite, Emilio Brusa per Giurisprudenza e Pasquale D’Ercole per Lettere. In una lettera al rettore del 22 marzo il ministro riconferma, a fronte forse di contrasti insorti, che, «quanto ai rapporti tra la Commissione e il bibliotecario capo, il decreto del 10 febbraio dà alla Commissione e in particolar modo al presidente, durante il periodo dei lavori della ricostituzione della Biblioteca, la preminenza sul bibliotecario. Questi perciò non potrà ordinare spese, né compiere nessun altro atto di qualche importanza sia per il personale sia per il materiale, senza il consenso della Commissione». I poteri conferiti a questa Commissione vengono meno con la fine del mese di ottobre (lettera del Ministero della Istruzione pubblica al rettore del 25 ottobre 1904).