Sono in uso le denominazioni: Istituto anatomico, Istituto anatomico patologico (1878-1881), Museo d'Anatomia (1881), Museo di Anatomia normale (1883), Museo anatomico (1896), Gabinetto anatomico, Laboratorio di Anatomia umana normale.
Nel febbraio 1879 è presentato alla Commissione Amministrativa del Consorzio il progetto, redatto dal'architetto C. Ceppi, "per la costruzione di una galleria vetrata per uso di osservazioni microscopiche da annettersi al Teatro anatomico", nell'isolato dell'Ospedale San Giovanni. Superati alcuni ostacoli frapposti dalla direzione dell'Ospedale, l'opera è realizzata tra 1880 e 1881, ma, resasi necessaria una spesa superiore di £ 1000 rispetto al calcolo iniziale, il saldo dei lavori avviene soltanto nell'aprile del 1882.
In data 30 ottobre 1881 il professor C. Giacomini, direttore dell'Istituto anatomico, accompagna la richiesta di acquisto "di vetrini copraoggetti e di dimensioni molto cospicue" per preparati anatomici con l'illustrazione delle ricerche effettuate: "l'Istituto di Anatomia possiede i microtomi i più perfetti ed i più recenti per lo studio del sistema nervoso centrale. Però onde utilizzare con il maggiore vantaggio possibile i detti strumenti, egli è d'uopo che le sezioni microscopiche (le quali comprendono talora i due emisferi cerebrali dell'uomo) vengano tutte conservate e regolarmente numerate, per poter studiare le modificazioni di struttura che si osservano nei diversi punti".
In data 19 giugno 1882 il medesimo comunica al rettore "che coi sussidi dati negli ultimi anni all'Istituto anatomico io ho intrapreso una serie di ricerche sul sistema nervoso centrale, le quali mi hanno condotto ad importanti risultati in special modo riguardo a sezioni microscopiche dell'intero encefalo umano, disposte in serie e regolarmente numerate, le quali son forse le prime che si siano fatte, ed aprono un vasto campo allo studio dell'intima struttura di quest'organo. Ma l'esperienza mi ha dimostrato che tali studi, oltre a cure infinite, per le quali io consacro tutto il mio tempo e la mia pazienza, richiedono mezzi numerosi ...". Egli chiede dunque al Consorzio un sussidio di £ 3000 "destinate esclusivamente a provvedermi di materiale per le ricerche sul sistema nervoso centrale. Solo nei grandi Istituti d'Anatomia e largamente forniti tali studi oggidì potranno essere tentati con profitto della scienza, ed io crederei di venir meno ad un mio dovere se non cercassi di realizzarli nella scuola da me diretta, che vanta un Rolando, considerato, a giusto titolo, il padre della Neurologia moderna".
Il 12 giugno 1883 espone al rettore la necessità di dotare l'Istituto di un nuovo apparecchio per la macerazione rapida per la preparazione degli scheletri.
In data 1° giugno 1887 Giacomini illustra al presidente del Consorzio la situazione per cui, avendo il Ministero deciso di decurtare la dotazione dell'Istituto anatomico di £ 2.200 a vantaggio dell'Anatomia patologica, a decorrere dall'anno 1887-88, è costretto a chiedere al Consorzio un contributo maggiore rispetto agli anni precedenti.