Il capo XIII del Regolamento Universitario approvato con R.D. 20 ottobre 1860, n. 4373 relativo alle segreterie dell'Università (artt. 276-281) prevede l'esistenza di un segretario capo e di segretari "a servigio e comodo delle Facoltà" operanti sotto la sua vigilanza. Prevede dunque lo smistamento della corrispondenza all'uno o agli altri "secondo la natura degli affari" e la conseguente registrazione delle carte o sul protocollo generale o sui protocolli speciali delle Facoltà. I documenti conservati sembrano evidenziare l'esistenza un'analoga organizzazione anche per gli anni precedenti (si veda anche il "Regolamento per le attribuzioni dei Rettori, Vice-Rettori, dei Presidi e Consigli delle Facoltà e delle Segreterie delle Università del Regno" approvato con R.D. 4 luglio 1857, artt. 43-51). A decorrere dal 1864, quando è introdotto un titolario per la classificazione della corrispondenza gestita centralmente, le carte riguardanti gli studenti vengono classificate anno per anno nella classe IX (attiva fino al 1875).