Il capo III "Delle Segreterie delle Università" del R.D. 4 luglio 1857 "Nuovo regolamento per le attribuzioni dei rettori, vice-rettori, dei presidi e consigli delle Facoltà e delle segreterie delle Università del Regno" (artt. 43-51) prevede l'esistenza di un segretario, di "sostituiti segretari delle Facoltà" e dell'economo operanti sotto la sua vigilanza. Prevede dunque lo smistamento della corrispondenza all'uno o agli altri "secondo la natura degli affari a cui si riferiscono". Tra i registri la cui tenuta spetta al segretario figurano: "1° Protocollo per registrarvi il sunto delle lettere o delle domande che non si riferiscono ai protocolli speciali delle Facoltà [...]; 2° Registro per copiare in esteso le note ed i decreti ministeriali [...]; 5° Registro per trascrivervi le intimazioni dei concorsi, gli avvisi e gli ordini che si pubblicano nell'Università o nella gazzetta ufficiale [...]." La stessa organizzazione è prevista nel capo XIII del Regolamento Universitario approvato con R.D. 20 ottobre 1860, n. 4373 relativo alle segreterie dell'Università (artt. 276-281). A partire dal 1929 è attestata la registrazione e archiviazione in serie separata della corrispondenza ritenuta riservata.